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Secugen - Soluciones Técnicas - Caída Brusca de la Señal

Aspecto de la secuencia.

  • La lectura de la secuencia se detiene de repente o la intensidad de los picos disminuye notablemente. En muchos casos es debido a una fuerte estructura secundaria o repeticiones.
    *Nota Importante: algunos vectores de clonaje tienen palíndromos flanqueando la zona de clonaje lo que puede provocar este efecto de caída en la secuencia.

Ejemplo.

Estructura Secundaria En Plásmido Secuenciado En Condiciones Estándar

estructura secundaria plasmido estandar

Estructura Secundaria En Plásmido Secuenciado En Condiciones Especiales

estructura secundaria plasmido especiales

Causas posibles.

  • Fuerte estructura secundaria en el molde. Algunos vectores de clonaje tienen palíndromos flanqueando la zona de clonaje lo que puede provocar este efecto de caída en la secuencia por la generación de una horquilla estable a la temperatura de elongación.
  • Región rica en GC, o repeticiones de GT.
  • La muestra contiene una construcción de RNAi.

Tratamiento.

  • Aplicación de protocolos especiales para estructuras secundarias o regiones ricas en repeticiones.