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La secuencia tiene fondo, aparecen picos dispersos debajo de la secuencia principal junto con "Ns" dispersas por la secuencia. Baja señal del dato crudo.
Ejemplo.
Fondo
Causas posibles.
La causa más común para esto es que la baja señal por encima del fondo se deba a una cantidad insuficiente de molde o cebador o a una reacción ineficiente de secuenciación debido a la inhibición de la ADN polimerasa. Un caso típico es el arrastre de trazas de etanol en la purificación del molde.
Tratamiento.
Cuantificar de manera adecuada el molde y el cebador, estar seguro de que no ha habido arrastre de solventes orgánicos en la purificación.